Daniel J. Wellehan, Besitzer von fünf Schuhgeschäften in der Gegend, entschloss sich, seine eigene Fabrik zu eröffnen. Er wurde Partner von zwei lokalen Schuhherstellern – William Beaudoin und Joseph Cordeau – und Sebago-Moc wurde geboren.

Der Name wurde von dem nahe gelegenen See Sebago inspiriert, der in der einheimischen Abenaki-Sprache „langgestalteter Wasserkessel“ bedeutet. Sein erstes Mokassin, der renommierte „Penny Loafer“, wurde im selben Jahr kreiert, handgenäht wie nach einheimischer Tradition, und ist nach wie vor eines der Bestsellermodelle der Marke.

Die ersten Yachting-Schuhe kamen 1948 auf den Markt, aber ihr Patent wurde an Uniroyal verkauft. 1950 erreichte der Umsatz von Sebago-Moc 1 Million Dollar, und 1952 erreichte die tägliche Produktion 2000 Paar Schuhe: Ein neues Werk wurde gebaut. 1965 begann das Unternehmen, in Europa zu verkaufen, dank einer Partnerschaft mit dem Unternehmer Francisco Gaudier. 1963 begann man mit der Herstellung von Damenschuhen; 1970 wurde das Docksides®-Design eingeführt, ein weiteres Bestseller-Modell der Marke. Zu diesem Anlass wurde der Firmenname in Sebago® vereinfacht. 1978 stimmte der leidenschaftliche Segler und CNN-Gründer Ted Turner zu, sein eigenes Bild für die Docksides®-Produkte zur Verfügung zu stellen.

1981 wurde die Campsides®-Outdoor-Linie eingeführt. 1984 war Sebago® das erste amerikanische Unternehmen, das ein Boot im O-Star Race sponserte. Es folgten bedeutende Sponsoring-Deals in der Segelwelt, darunter die Celebrity Regatta, der Liberty Cup, der America’s Cup und das Young America-Team im Louis Vuitton Cup 96/97.

Die Drysides®-Linie von wasserdichten Schuhen wurde im Herbst 1994 eingeführt. In den späten 90er Jahren durchlief das Unternehmen eine Krisenzeit, die 2003 ihren Höhepunkt erreichte, als Sebago® von der US-Firma Wolverine World Wide, Inc. übernommen wurde.

Die Marke wurde Teil des Portfolios der BasicNet Group. Derzeit wird Sebago® in 90 Märkten weltweit vertrieben.